北京大学塞罕坝生态站依托北京大学，在北京大学城市与环境学院和北京大学生态研究中心领导下，由塞罕坝生态站管理委员会决策管理，执行委员会具体落实执行。

生态站成立学术委员会。该委员会制定和决策重大科研项目，制定实验站长远科研目标和科研规划，评审和评议科研项目。

塞罕坝生态站管理委员会设主任1名，成员4名；实验站执行委会员设站长1名，执行副站长1名，科研副站长2名，财务监督员1名。根据实验站工作开展需要，在观测季聘用数据采集员和后勤保障服务人员若干名。

实验站每年召开一次学术交流会和工作总结汇报会。定时召开站务会。